L'Église catholique ne pouvait pas s'engager politiquement contre le régime nazi, en raison du Concordat signé avec le Reich. Mais contrairement aux protestants, qui étaient organisés en Landeskirchen, des instances locales élues qui étaient infiltrées par les nazis, les personnalités ecclésiastiques catholiques étaient nommées par Rome, ce qui permit une plus grande imperméabilité de l'Église catholique à l'infiltration nazie. Si l'opposition politique était impossible en raison du Concordat, des catholiques ont cependant résisté au nazisme sur le plan moral. On peut distinguer deux attitudes : d'une part, les catholiques qui voulaient maintenir un contact avec le régime nazi, afin d'obtenir des compromis, d'autre part, quelques personnalités hors pair qui refusaient tout compromis. Plusieurs ecclésiastiques catholiques se sont opposés dans les années 30 à l'idéologie nazie, en soulignant qu'elle n'était pas compatible avec la foi catholique. Ainsi, le cardinal Bertram critiqua les théories nationalistes et racistes nazies, ainsi que la prétention de Hitler de créer un "christianisme positif" imprégné de l'idéologie nazie, indépendant de Rome et de toute autorité internationale, et incorporé à l'État totalitaire. Mais la même année, l'évêque de Berlin, Schreiber, déclara qu'il n'était interdit à personne de devenir membre du parti nazi. Les divisions internes étaient telles que le cardinal Bertram ne parvint pas à inciter tout l'épiscopat allemand à faire une déclaration commune contre le nazisme. En 1931, les évêques de Bavière, puis de Cologne et de Paderborn condamnèrent l'idéologie nazie, incompatible avec la foi chrétienne, en s'appuyant sur le fait que le Pape Pie XI avait condamné auparavant le mouvement fasciste "Action française"
Le parti politique catholique, le Zentrum, collabora à partir de 1932 avec le NSDAP. Peu de voix catholiques s'élevèrent contre cette compromission avec les nazis : le père jésuite Max Pribilla, Fritz Gerlich et Ingbert Naab dans la revue catholique "Der Gerade Weg" et Bernhard Letterhaus. Ce dernier était membre d'un syndicat catholique et du parti Zentrum ; après l'arrivée au pouvoir de Hitler, il fit plusieurs voyages à l'étranger, afin de prendre contact avec d'autres syndicats catholiques, en vue de préparer la résistance au nazisme. A partir de 1939, il travailla dans le service de contre-espionnage de la Wehrmacht, ce qui lui permit de pouvoir transmettre des informations confidentielles à ses amis résistants. Il participa à la préparation de l'attentat du 20 juillet 1944, et fut arrêté immédiatement après la tentative de putsch. Il fut condamné à mort, et fut exécuté le 14 novembre 1944.
Lors de la conférence épiscopale de Fulda en 1932, les évêques catholiques allemands décidèrent que des catholiques ne pouvaient pas devenir membres du NSDAP, le programme de ce parti étant hérétique. Mais l'épiscopat était extrêmement divisé, et si des évêques comme Preysing et Kaller condamnaient le nazisme, d'autres s'en accommodaient très bien. Et deux mois après l'arrivée au pouvoir de Hitler, à la suite de sa déclaration sur le respect des droits des Églises et de son vœu d'établir des relations amicales avec le Vatican, il fut décidé que les catholiques pouvaient finalement devenir membres du parti nazi, et que l'Église catholique pourrait s'arranger avec Hitler. Et en avril 1933, lors du boycott des juifs par les nazis, le cardinal Bertram, qui avait quelques années auparavant critiqué l'idéologie nazie, décida de ne pas prendre position. Seul le père Eckert protesta alors au nom de l'éthique chrétienne contre la persécution des juifs.
Dès le mois d'avril 1933 commencèrent des pourparlers entre le Vatican et le régime nazi au sujet d'un Concordat, qui vit le jour au mois de juillet de la même année. Quelques membres du clergé catholique allemand, tels le cardinal Schulte et l'évêque Preysing, critiquèrent ce Concordat, estimant qu'il serait préférable de condamner le gouvernement nazi, au lieu de pactiser avec lui. Ils n'accordaient pas leur confiance à Hitler, qui s'était engagé à faire du christianisme la base du nouveau régime, et en avait donné sa parole d'honneur au Pape. Le parti centriste avait décidé le 5 juillet 1933 de se dissoudre, et le 20 juillet fut signé le Concordat, qui garantissait aux catholiques allemands la liberté de culte en échange de la non-ingérence de l'Église catholique dans la politique nazie.
Cette reconnaissance officielle du régime nazi par l'Église catholique fut lourde de conséquences. L'Église ne se prononça plus sur des questions qui n'avaient pas de rapport direct avec le culte catholique. Ainsi, lorsqu'en novembre 1933 l'ancien dirigeant de l'action catholique de Munich, Mühler, fut arrêté parce qu'il avait raconté des "mensonges" au sujet du camp de concentration de Dachau, le Vatican ne prit pas position.
Les prêtres comme le père jésuite Rupert Mayer qui n'hésitaient pas à critiquer ouvertement le régime dans leurs sermons furent persécutés par les nazis. Le prêtre August Froehlich, qui refusait de faire le salut hitlérien, fut arrêté en 1941 après avoir protesté contre les mauvais traitements infligés aux travailleurs forcés dans une entreprise allemande. Il fut déporté, torturé, et mourut le 22 juin 1942 au camp de concentration de Dachau. Le père Muckermann, exilé aux Pays-Bas, parvint à diffuser clandestinement en Allemagne des tracts condamnant le nazisme et la politique de Hitler. Et le 22 mars 1935 fut fondé un "Comité d'aide aux non-aryens catholiques", qui proposait une aide juridique aux catholiques d'origine juive, et les aidait à trouver un pays d'accueil pour fuir l'Allemagne. Le 10 novembre 1938, au lendemain de la "Nuit de Cristal", le prieur de la cathédrale de Berlin, Bernhard Lichtenberg, appela les fidèles à prier pour les juifs et les prisonniers des camps de concentration, parmi lesquels se trouvaient également beaucoup de prêtres. Arrêté en octobre 1941, il fut déporté et mourut en 1943. Margarete Sommer, une universitaire qui avait perdu son poste en raison de son engagement catholique, aida des catholiques d'origine juive. En 1942, elle rédigea un rapport qu'elle envoya au Vatican sur le traitement réservé aux juifs par les nazis, sur la déportation en camps de concentration. Gertrud Luckner, une pacifiste engagée qui travaillait pour l'organisation de bienfaisance catholique "Caritas", aida des prisonniers de guerre et des juifs ; elle fut arrêtée en 1943 par la Gestapo et déportée au camp de concentration de Ravensbrück. En 1943, des prêtres catholiques de Stettin, dont Carl Lamprecht, Friedrich Lorenz, Herbert Simoleit et Alfons Maria Wachsmann, furent condamnés à mort pour "démoralisation des troupes" parce qu'ils avaient écouté des émissions radiodiffusées étrangères.
La Gestapo veillait, et le régime adopta une attitude de plus en plus agressive vis-à-vis des catholiques. Ainsi, le journal des jeunesses catholiques, "Junge Front", qui adoptait une attitude réservée face aux nazis, fut interdit de publication à plusieurs reprises, avant d'être définitivement interdit en janvier 1936 ; peu de temps après, 50 dirigeants de mouvements catholiques furent arrêtés. En 1933, ce journal, qui était diffusé à 300 000 exemplaires, avait appelé à la solidarité avec les juifs lors du boycott des magasins juifs. De plus, les jeunesses hitlériennes, assistées par la police, essayaient constamment de perturber les réunions des associations de jeunesse catholiques. Celles-ci, ainsi que toutes les organisations de jeunesse non nazies, furent interdites en décembre 1936 ; tous les jeunes Allemands furent désormais obligés d'intégrer les jeunesses hitlériennes. Mais des mouvements de jeunesse catholiques continuèrent à exister dans la clandestinité, aidèrent des persécutés, et diffusèrent des tracts hostiles au régime.  En 1941, Walter Klingenbeck, un ancien membre des jeunesses catholiques, diffusa avec quelques adolescents catholiques, grâce à un émetteur clandestin, des émissions qui appelaient à la chute du régime nazi et qui communiquaient les nouvelles censurées par les nazis et entendues dans des émissions radiodiffusées étrangères. Walter Klingenbeck fut arrêté en 1942, condamné à mort, et exécuté le 5 août 1943. La condamnation à mort de ses amis Daniel von Recklinghausen et Hans Haberl fut finalement commuée en une peine de travaux forcés de huit ans. D'autres adolescents, comme Theo Hespers, Walter Hammer et Karl Paetel, ont pu à partir de leur pays d'exil diffuser des journaux et des tracts antinazis en Allemagne.
En 1935-36, les nazis eurent recours à des pseudo-procès afin d'éliminer des opposants catholiques : des prêtres furent accusés d'être mêlés à des scandales financiers et à des affaires de mœurs, et furent arrêtés sous ce prétexte.
En 1937, l'Église décida de réagir : les évêques allemands écrivirent un mémorandum au ministre chargé des questions religieuses, afin de protester contre l'attitude du régime à l'égard des catholiques, et le Pape Pie XI publia en mars 1937 l'encyclique "Mit brennender Sorge", "Avec un souci brûlant", dans laquelle il fit part de son inquiétude quant aux multiples violations du Concordat de la part du gouvernement nazi. Des centaines de milliers d'exemplaires de ce document furent imprimés et distribués clandestinement en Allemagne ; les nazis, en guise de représailles, arrêtèrent des prêtres et des adolescents ayant distribué des exemplaires de l'encyclique, et les déportèrent en camp de concentration.
Mais des ecclésiastiques catholiques soutenaient Hitler, et après les succès militaires de celui-ci, certains lui envoyèrent même des lettres de félicitations. Ainsi, le cardinal Bertram, qui avait présidé en 1932 la conférence de Fulda, au cours de laquelle il avait été décidé que des catholiques ne pouvaient devenir membres du NSDAP, envoya des lettres élogieuses à Hitler, dans lesquelles il tentait cependant d'amadouer le dictateur vis-à-vis de l'Église catholique. 
L'évêque de Berlin, Konrad Graf von Preysing, fut l'un des rares évêques qui continuèrent à défendre ouvertement et courageusement des opinions antinazies, même après l'arrivée au pouvoir de Hitler. Il faisait partie avec Fritz Gerlich et Ingbert Naab, les rédacteurs de la revue "Der Gerade Weg", d'un groupe de résistance catholique, le "cercle de Konnersreuth", qui se fixait pour objectif de trouver des mesures permettant de contrer le régime nazi. Après l'assassinat de Gerlich en 1934, Preysing parvint à faire fuir Naab en Suisse ; Preysing ne fut pas arrêté en raison de sa très grande popularité. Il avait à plusieurs reprises mis les autres évêques en garde contre le nazisme, était un ennemi déclaré du Concordat, et participa à la rédaction de l'encyclique du Pape Pie XI. Preysing critiquait l'attitude de l'Église vis-à-vis du nazisme ; il rendit compte au Pape des événements se déroulant dans l'Allemagne nazie, et il était persuadé que l'on ne pourrait rien obtenir de Hitler par des voies diplomatiques ; il était partisan d'une prise de position claire de la part du Vatican, qui serait capable d'encourager les Allemands à organiser de grandes manifestations contre le régime. Preysing, choqué par les télégrammes élogieux que le cardinal Bertram envoyait à Hitler, démissionna en 1940 de son poste de secrétaire de presse de la conférence épiscopale de Fulda, et entra en contact avec le "cercle de Kreisau" et les conjurés du 20 juillet 1944, tout comme les Pères jésuites Alfred Delp, Lothar König et Augustin Rösch. Juriste de formation, Konrad Graf von Preysing rédigea également une lettre pastorale concernant le Droit et ses violations par le régime nazi, qui fut lue en chaire et qui eut un grand écho en Allemagne et à l'étranger.
D'autres catholiques ont manifesté leur opposition vis-à-vis de certains points de la politique nazie. Ainsi, des organismes caritatifs, des médecins et des ecclésiastiques catholiques protestèrent contre l'eugénisme, que les nazis avaient rendu légal en juillet 1933 sous la forme d'une "loi sur la prévention de la transmission héréditaire de maladies". L'encyclique "Casti connubii", publiée en 1930, interdisait ces pratiques au nom du respect de la vie. En 1934, le directeur de l'action catholique de l'évêché de Berlin, Erich Klausener, qui avait organisé les Journées catholiques de Berlin en 1933 et 1934, fut assassiné sur l'ordre personnel de Hitler le 30 juin 1934, quelques jours après une messe en plein air qui avait rassemblé des dizaines de milliers de fidèles, ce que Hitler avait considéré comme un affront personnel. En 1940, l'archevêque Michael von Faulhaber protesta auprès du ministre de la Justice au sujet de l'assassinat des invalides et des malades mentaux, jugés par les nazis "indignes de vivre", car "improductifs" sur le plan économique. "L'opération T4", qui fit plusieurs milliers de victimes, fut finalement suspendue officiellement en août 1941 mais continua sous d'autres formes plus insidieuses : les nazis administrèrent des médicaments aux malades ou les laissèrent mourir de faim dans les institutions. Faulhaber proposa de plus en 1941 au cardinal Bertram que l'Église catholique condamne publiquement les persécutions dont étaient victimes les juifs, ce qui ne se réalisa pas. En 1935, l'évêque de Münster, Clemens August Graf von Galen, avait osé protester officiellement contre la venue à Münster d'Alfred Rosenberg, l'un des théoriciens du nazisme, et en 1941, il prononça des sermons condamnant l'assassinat des malades mentaux et des invalides, qui connurent un grand écho et furent reproduits sous forme de tracts et distribués également à l'étranger. Les nazis n'osèrent pas arrêter Clemens August Graf von Galen en raison du soutien que lui témoignait la population.
D'autres résistants ne furent pas épargnés par la dictature. Ainsi, le prêtre Franz Reinisch fut incorporé en 1941 dans l'armée mais refusa de prêter serment à Hitler ; il fut exécuté. Le prêtre Max Josef Metzger, qui prônait l'œcuménisme et le pacifisme, fut arrêté par la Gestapo en 1939 en raison de son engagement pour la paix, et fut exécuté en 1943.
L'attitude d'une partie des catholiques allemands oscilla entre le soutien et l'accommodement au nazisme. Certes, leur marge de manœuvre était minime, étant donné les persécutions nazies dont ils étaient victimes. Cependant, quelques personnalités comme l'évêque de Berlin Konrad Graf Preysing, l'évêque de Münster Clemens August Graf von Galen, ou encore les prêtres Franz Reinisch et Max Josef Metzger ont eu le courage de s'opposer aux nazis et à leur politique criminelle, et de défendre les persécutés au nom des valeurs chrétiennes, incompatibles avec l'idéologie nazie. Des pèlerinages ainsi que de grandes manifestations, comme celle de 1938 à Aix-la-Chapelle (Aachen) menée sous le slogan "Le Christ pour l'Allemagne, l'Allemagne par le Christ" rassemblèrent également des dizaines de milliers de catholiques opposés à l'idéologie nazie. Les communistes donnèrent l'ordre à leurs militants de se joindre à ces grandes manifestations qui représentaient l'un des rares moyens de se lever contre le régime.